ΠΡΟΛΗΨΗ - ΔΙΑΓΝΩΣΗ

Τι εννοούμε με τον όρο “Whole Exome Sequencing (WES)”; Η συγκεκριμένη εξέταση αφορά την ταυτοποίηση της αλληλουχίας ολόκληρου του κωδικοποιούντος γονιδιώματος του ανθρώπου, δηλαδή όλων των γενωμικών περιοχών που «δίνουν τις απαραίτητες εντολές» για την παραγωγή πρωτεϊνών που διαμεσολαβούν την ορθή λειτουργία του ανθρώπινου οργανισμού. Αλλαγές στην αλληλουχία αυτών των περιοχών, οι οποίες αναφέρονται ως παθογόνοι μεταλλάξεις, μπορεί να επιφέρουν αλλαγές στη δομή των παραγόμενων πρωτεϊνών που να τις καθιστούν μη λειτουργικές/μερικώς λειτουργικές ή να παρεμποδίζουν παντελώς την παραγωγή τους. Συγκεκριμένα, το WES καλύπτει περίπου το 85% των παθογόνων μεταλλάξεων που έχουν συσχετιστεί με την εκδήλωση νόσου αν και «αντιπροσωπεύει» λιγότερο από το 2% του ανθρώπινου γονιδιώματος.

Η διεξαγωγή του WES απαιτεί τη χρήση της τεχνολογίας της μαζικής παράλληλης αλληλούχισης (Next-Generation-Sequencing), αναφέρομενη ως NGS, η οποία επιτρέπει την εξαγωγή μεγάλου όγκου δεδομένων αλληλούχισης των οποίων η επεξεργασία διεξάγεται με εξειδικευμένους αλγόριθμους (BWA, GATK4, Freebayes) ώστε η πληροφορία αυτή να μεταφραστεί σε μία εκτεταμένη λίστα μεταλλάξεων που εντοπίζονται σε όλο το μήκος του κωδικοποιούντος ανθρώπινου γονιδιώματος (εικόνα 1). Ακολουθεί ο χαρακτηρισμός αυτών των μεταλλάξεων ως προς την πιθανότητα να συσχετίζονται με την εκδήλωση κλινικών συμπτωμάτων που αφορούν όλες τις κλινικές ενότητες με τη βοήθεια μιας σειράς διεθνών επιστημονικών βάσεων δεδομένων μερικές από τις οποίες είναι: “Ensembl Variant Effect Predictor”, “1000 Genomes Project”, “Exome Variant Ser-ver database”, “Exome Aggregation Consortium”, “Combined Annotation Dependent Depletion” (CADD), “OMIM”, “Orphanet”

To Whole Genome Sequencing (WGS) περιλαμβάνει την πλήρη αλληλούχιση του ανθρωπίνου γονιδιώματος, τόσο των εξονίων όσο και των ιντρονίων, στα οποία ιντρόνια ανιχνεύονται πλέον όλο και περισσότερες παθογόνες μεταλλάξεις.