COVID-19 Και Influenza A/B

Το πιο αξιόπιστο test για την ανίχνευση του ιού SARS-CoV-2 πραγματοποιείται με τη μέθοδο Real Time PCR, παρέχοντας τη δυνατότητα διεξαγωγής αποτελέσματος μεταξύ 12 έως 28 ωρών.

~

Η διαδικασία περιλαμβάνει αρχικά τη λήψη ρινικού/φαρυγγικού επιχρίσματος, από το οποίο στη συνέχεια εκχυλίσσεται ολικό γενωμικό RNA με τη χρήση του MagCore® Viral Nucleic Acid Extraction Kit (High Sensitivity) Code 203 (RBC Bioscience) σε αυτοματοποιημένο σύστημα απομόνωσης MagCore HF16 σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή. Ακολούθως, το δείγμα υποβάλλεται στη διαδικασία της ανάστροφης μεταγραφής - Αλυσιδωτής Αντίδρασης Πολυμεράσης πραγματικού χρόνου (One Step RT – Real Time PCR) με χρήση των εκκινητών-ιχνηθετών του 2019-nCoV CDC qPCR Probe Assay (CDC EUA kit, IDT, η αποτελεσματικότητα του οποίου αναλύεται στη συνέχεια) σύμφωνα με τις οδηγίες του CDC. Το μείγμα εκκινητών-ιχνηθετών «στοχεύει» σε δύο γενωμικές περιοχές του γονιδίου N (N1 και N2) του ιού που κωδικοποιεί την “Nucleocapsid protein” και το γονίδιο “human RNase P” (RP), το οποίο αποτελεί δείκτη της ποιότητας του δείγματος καθώς και επιβεβαιωτικό δείκτη ότι η διαδικασία εξαγωγής γενετικού υλικού από το δείγμα επετεύχθη. Η διαδικασία της One Step RT – Real Time PCR διεξάγεται σε πλατφόρμα LightCycler 480 (Roche Life Science).

 

 

Το όριο ανίχνευσης της παρούσας δοκιμής όπως διενεργείται στο εργαστήριο Neoscreen όπως προσδιορίστηκε με τη χρήση διαδοχικών αραιώσεων του θετικού μάρτυρα 2019-nCOV_N-Positive Control (REF:225507240) ανέρχεται σε 20 copies/ul. Χαρακτηρίζεται από υψηλό βαθμό ειδικότητας και αποκλειστικότητας για τον ιό SARS-CoV-2  σύμφωνα με in silico αναλύσεις καθώς και μελέτης εφαρμογής της δοκιμής σε δείγματα που έφεραν άλλα παθογόνα (όπως MERS-coronavirus, SARS-coronavirus, influenza H1N1), καθιστώντας τη συγκεκριμένη μέθοδο ως την πιο αξιόπιστη για την ανίχνευση του ιού.

 ~                                                                    _

Πόσο αποτελεσματικό είναι όμως το 2019-nCoV CDC qPCR Probe Assay (CDC EUA kit, IDT);

Ο έλεγχος 2071 δειγμάτων του αναπνευστικού συστήματος απέδωσε 2021 αρνητικά, 49 θετικά και 1 μόνο ως μη έγκυρο (επρόκειτο για φαρυγγικό/λαρυγγικό επίχρισμα). Τα 17 από τα 49 θετικά δείγματα υποβλήθηκαν σε περαιτέρω έλεγχο μέσω αλληλούχισης του ιϊκού γονιδιώματος και επιβεβαιώθηκε το αρχικό εύρημα της δοκιμής 2019-nCoV CDC qPCR Probe Assay (100%συμφωνία). Μελέτη 117 αναπνευστικών δειγμάτων με την ανεξάρτητη εφαρμογή του 2019-nCoV CDC qPCR Probe Assay και αντίστοιχης δοκιμής με διαφορετικές γενωμικές περιοχές του ιού ως στόχους (N4 & N5) έδειξε 100% συμφωνία των δύο δοκιμών τόσο στα δείγματα που χαρακτηρίστηκαν ως αρνητικά όσο και σε αυτά που χαρακτηρίστηκαν ως θετικά, διαπιστώνοντας εν τέλει την κλινική απόδοση του kit και της μεθόδου RT-PCR ως εξαιρετικά συγκεκριμένες και αποτελεσματικές.